I suggest to use one separate path for every of your custom modules like this
.
├── my_module_1
│ ├── requirements.txt
│ ├── setup.py
│ ├── tryton.cfg
│ └── …
├── my_module_2
│ ├── requirements.txt
│ ├── setup.py
│ ├── tryton.cfg
│ └── …
└── _myvenv
└── lib
└── python
└── site-packages
└── trytond
└── modules/…